阴茎短小：若阴茎发育不良，勃起时长度不足10cm，且不能满足女方性要求者，可行阴茎延长术。目前多采用耻骨弓前阴茎海绵体延长术式，术后阴茎延长3～4cm者占78％。
尿道下裂：是以尿道外口位置异常，位在阴茎腹侧或会阴部为特征的先天性畸形，每300个存活男婴中就有1例发生。患者不能站立排尿，且影响阴茎的正常发育和成年后的性生活，故应在学龄前完成治疗。手术包括矫正阴茎痛性勃起弯曲畸形和修复尿道两个主要步骤。一般都分期施行，也有将两个步骤在同一次手术内完成的一期手术方法。
包皮过长、包茎：由于包茎和包皮过长常引起龟头包皮炎，反复感染会引起炎性粘连，长期的慢性刺激更是引起阴茎癌的重要因素，因此应在4～5岁后尽早手术治疗。常用的手术方法包括普通包皮环切术和阴茎根部皮肤切除术。
包皮过短：包皮过短使阴茎皮肤紧缩，勃起时引起牵引痛，影响性生活。可行游离植皮或局部皮瓣转移修复。
